הראשונים שהגיעו למגדיאל היו הפולנים, ואחריהם בכמה שבועות הגיעו הבגדדים מעירק,  צריף שעמד במרכז המושבה שימש להם בית כנסת, בית ספר, מועצה  ומועדון.
התפילה המשותפת של אשכנזים וספרדים לא כל כך צלחה כי לא ידעו באיזה נוסח יתפללו, אשכנזי או ספרדי? ואז מצאו פשרה , שבת אחת יתפללו לפי נוסח אשכנז, ושבת אחת לפי נוסח ספרד. נוסח התפילה ושעות התפילה אף הם לא היו מקובלים על הצדדים, גם על זה התקבלה החלטה אחת, שיכנסו האשכנזים יסיימו ויכנסו הספרדים וההיפך.
ב-1931 כשהסתיימה בנייתו של בית הכנסת "משכן יעקב" במגדיאל, קבלו הבגדדים את החדר הימני בקומת הכניסה שישמש אותם לבית הכנסת והוא נקרא בפי כל "בית הכנסת הבבלי", אבל באופן רשמי נקרא הוא על שם החכם יוסף חיים מִבָּבֶל.
כשנפטרה הגב' פלורה סיטי, אמם של יוסק'ה ויצחק, בתחילת שנות ה-60 של המאה ה-20, הורישה חלק מהקרקע לבניית בית כנסת ספרדי בחצר ביתה שפונה לרחוב אהבה.
אבן הפינה לבית הכנסת הונחה בתחילת שנות ה-60 של המאה ה-20. בנייתו עלתה כ-40.000 לירות. ב-1962 נתנה המועצה המקומית הלוואה לסיום בנייתו.(מתוך הארכיון)
בית הכנסת נקרא "הוד יוסף"
רב בית הכנסת היה הרב רפאל ביטון זצ"ל עד יום פטירתו בשנת 2001  . 
החזן היה גבריאל שמש. גבריאל התפלל בבית הכנסת עד 1990 עת נפטר בגיל 91.

בשנת 2010 נחנך בית הכנסת החדש שהתוסף מעל בית הכנסת ותוכנן על ידי האדריכל בני נדלסטיצ'ר.
 בית הכנסת החדש  נקרא על שם הרב רפאל ביטון.

בחודש מארס 2022 נחנך בבית הכנסת חדר לימוד על שם אהרון(בן שאול) ושמחה חבה מוותיקי מגדיאל.
 

רשמה: שמחה קליין. הצריף הראשון 2020    

 

כותב: חשביה אריה בספר "עיר בירוק", סיפורה של הוד השרון, הוד השרון, 1996 -
"בשמחת תורה היתה שמחתם של "הבגדדים" רבה במיוחד. הם היו פולשים לבית הכנסת של האשכנזים, עושים הקפות ועושים שמח. ספר התורה אצל האשכנזים היה מולבש בכתונת. אצל "הבגדאדים" הוא היה מונח בקופסה עגולה ועליה שני ווים שהיו תולים עליהם בחגיגה סרטים או מטפחות צבעוניות ומניחים עליהם רימונים. הילדים היו הולכים למקום שבו היה שמח יותר. בשבת היו הילדים מתאספים בבית הכנסת לקרוא דף תלמוד. קראו לזה "תפארת ילדים".